Kościół św. Mikołaja został ufundowany w latach 1253-1257 przez księcia Bolesława Pobożnego i jego małżonkę, błogosławioną Jolantę. Świątynia wielokrotnie była przebudowywana. Początkowo zarządzana przez księży diecezjalnych, w 1358 r. mocą przywileju wydanego przez Kazimierza Wielkiego trafiła pod opiekę kanoników laterańskich. Kościół wielokrotnie nękały pożary. W 1560 r. spalił się kościół i klasztor (wielką stratą było zniszczenie bogatej biblioteki). Kolejny pożar nawiedził świątynię w 1609 r.